В годы Великой Отечественной войны многие преподаватели и студенты ушли на фронт, став бойцами 3-го батальона Фрунзенского района и Народного ополчения. Оборудование и лаборатории, преподаватели и студенты были эвакуированы в город Пятигорск. Положение на фронтах Великой Отечественной войны вынудило Ленинградский институт киноинженеров эвакуироваться в августе 1942 года вглубь страны в город Самарканд Узбекской ССР. В октябре 1942 года несмотря на огромные трудности институт возобновил работу. На трех факультетах тогда обучалось около 100 человек. С институтом была эвакуирована группа преподавателей, в том числе В.И. Волынкин, Б.А. Бурков, З.В. Цырулина, А.М. Брусиловский. В августе 1943 года состоялся первый военный выпуск института: дипломы инженеров получили 22 человека.

В победном 1945 году институт из Самарканда возвращается в Ленинград. 5 октября 1945 года начались регулярные учебные занятия. Первый послевоенный выпуск в Ленинграде — 62 человека защитили дипломы инженеров. 1 сентября 1946 года к началу учебного года количество студентов составляло более 1000 человек. С 1947 года в Ленинградском институте киноинженеров начали учиться студенты-иностранцы.